Il nuovo secolo

Il Padova riparte dalla C2 con Beruatto in panchina. La promozione sembra non poter sfuggire, ma al di là della parte centrale del torneo, il Padova non riesce a decollare e termina il torneo al 6° posto, fuori anche dai playoff. Termina il torneo e termina anche l'avventura patavina di Viganò, il quale cede la società ad Alberto Mazzocco, industriale padovano.

Nella stagione 2003/2004 la squadra viene rivoluzionata. La guida tecnica è affidata ad Ezio Glerean, mentre il nuovo diesse è Sergio Vignoni, navigato uomo mercato che a suo tempo fece le fortune del Vicenza di Guidolin. In estate all'ombra del Santo arrivano giocatori di buona caratura come Romondini, Guidetti, Muslimovic, e l'argentino La Grotteria, ma si registrano anche i graditi ritorni di due giovani cresciuti nel vivaio biancoscudato: Maurizo Bedin e Gianpiero Zecchin. Il Padova è una delle favorite per la promozione e sin dalle prime giornate si assesta nelle posizioni alte della classifica grazie ad una difesa di ferro e un rendimento eccellente tra le mura amiche dell'Euganeo.
Per contro Porrini e compagni faticano molto in trasferta dove raccoglieranno i primi tre punti solo alla 18° giornata (0-1 a Reggio Emilia) e in attacco sono menomati dagli infortuni che mettono spesso fuori causa il "gaucho" La Grotteria, uno degli uomini di punta del modulo Glerean. Nella seconda parte del campionato il Padova continua a rimanere in zona play-off, ma si vede sfuggire prima l'Arezzo, che terminerà primo dopo un campionato straordinario, e poi il Lumezzane. Alle difficoltà della squadra che non sempre riesce ad esprimere un gioco convincente si sommano quelle di Ezio Glerean che viene colpito da un grave lutto familiare che non gli consente più di concentrarsi sul suo lavoro. L'allenatore di San Vito al Tagliamento rassegna le dimissioni alla vigilia del delicato incontro con il Lumezzane. Vignoni si mette subito al lavoro e in tempi brevissimi piazza un colpo a sensazione: il nuovo allenatore del Padova è Renzo Ulivieri. Il tecnico toscano cerca da subito di dare la sua impronta alla squadra, ma si trova senza uomini di fascia, inutili nel modulo di Glerean. La squadra continua ad avere alti e bassi e piano piano scivola fuori dalla zona spareggi. Ulivieri ha comunque il merito di tenere saldo il gruppo e evitare un tracollo quando il Padova si trova a pochi punti dalla zona play-out. La stagione termina con un settimo posto e con l'amara sensazione di avere sprecato una grande opportunità.

L'anno successivo si apre nel segno di Renzo Ulivieri e Renato Favero. Il diesse di Camposampiero, chiamato a mercato iniziato per sostituire Vignoni, riesce a portare all'ombra del Santo giocatori di categoria superiore come Tarozzi, De Franceschi, Bianchi e Ginestra, ma la squadra, tartassata dagli infortuni (i più gravi capitano a La Grotteria e Mariniello) cala nel finale di stagione e nelle ultime giornate perde il treno per i play off.
La stagione 2005/2006 vede la riconferma del diesse di Camposampiero che sceglie come guida tecnica della squadra un giovane allenatore catanese, Maurizio Pellegrino, che l'anno prima aveva portato il Lanciano ben oltre l'obiettivo della salvezza. A rinforzare l'organico arrivano giocatori di ottimo calibro come Daniele Quadrini, Paolo Cotroneo, Andy Selva e il portiere Andrea Cano che sostituisce fra i pali Roberto Colombo dopo cinque anni. L'inizio di campionato fa ben sperare. Partita dopo partita il Padova cresce, macina punti e all'Euganeo mette in mostra un calcio esaltante. Il "Signor Nessuno", come è stato ribattezzato dalla stampa Pellegrino, sembra aver trovato la cura giusta per il Grande Malato. Alla fine del girone di andata i biancoscudati sono terzi ad un punto dalla seconda, lo Spezia, e play off sono a portata di mano. Lo saranno fino alla 30^ giornata quando De Franceschi e compagni perdono 1-0 a Monza ed escono per la prima volta dalla zona spareggi. Nelle ultime quattro giornate la squadra ha una grave flessione e non riesce a recuperare terreno, facendo svanire all'ultimo un sogno cullato un'intera stagione. L'epilogo più amaro si materializza il 1° maggio 2005, quando lo Spezia pareggia 0-0 all'Euganeo e ottiene la matematica promozione estromettendo i padovani dalla corsa alla B. I tifosi liguri, giunti numerossissimi a Padova invadono il terreno di gioco per festeggiare, mentre ai tifosi padovani non resta che esporre l'ironico striscione "Quelli dovevamo essere noi".

La stagione 2006/2007 inizia di nuovo sotto il segno dell'accoppiata Favero-Pellegrino. La squadra non inizia male, ma si esprime in maniera altalenante complici gli infortuni che tengono quasi sempre fuori giocatori di peso come La Grotteria e De Franceschi. All'Euganeo cadono molte testa, ma da novembre in poi la squadra subisce una forte involuzione e pian piano scivola nelle zone mediobasse della classifica. A farne le spese è prima Favero, sostituito a novembre da Mauro Meluso, poi lo stesso Pellegrino che paga cara la sconfitta interna con il Novara del 18 dicembre. Al suo posto viene chiamato Andrea Mandorlini che, grazie anche agli innesti di giocatori come Anaclerio, Bovo e Manzoni pescati da Meluso nel mercato di gennaio, in pochi mesi risolleva le sorti dei biancoscudati portandoli dalla zona playout addirittura al quinto posto. Nelle ultime quattro giornate però la squadra, spremuta dopo l'incredibile rimonta, ha un calo inevitabile. Fatale, ancora una volta, si rivela lo scontro con il Novara. Le speranze dei tifosi padovani di raggiungere gli spareggio si infrangono sulla traversa colpita dal "gaucho" La Grotteria su calcio di rigore all'inizio della partita con i piemontesi. Epilogo amaro all'ultima giornata, quando il Grosseto batte il Padova all'Euganeo e festeggia la promozione in serie B.

La stagione 2008/2009 inizia in maniera positiva. La squadra naviga stabilmente in zona playoff, ma sotto Natale una catena di infortuni ne ostacola il cammino. Sono contemporaneamente fuori uso tutti gli uomini gol (Varricchio, Di Nardo, Gasparello) e gli scudati segnano con il contagocce. La squadra scivola fuori dalla zona promozione e dopo uno scialbo 0-0 con il Legnano il presidente Cestaro cerca di correre ai ripari. Ne fanno le spese Carlo Sabatini e Mauro Meluso, che nel frattempo ha acquistato Jidayi, Cesar e Patrascu al mercato di gennaio. Al loro posto arrivano il diesse Doriano Tosi e mister Attilio Tesser.
La squadra viene mandata in ritiro ma non ingrana, frenata dagli infortuni e bloccata sul piano del gioco. Alla 23^ giornata, dopo uno 0-0 in casa del Portogruaro, la Società prende atto che la scossa non c'è stata e decide di dare un'altra chance a Carlo Sabatini. I frutti si vedono subito con la vittoria nel derby a Venezia e quella in casa con la Sambenedettese. Il quinto posto non è più una chimera, ma contro Cesena, Spal e Ravenna il Padova raccoglie solo un punto, nonostante abbia ritrovato la giusta mentalità e stia crescendo dal punto di vista fisico. Il quinto posto è però lontano sei punti e a sei giornate dalla fine il Padova viene dato per finito dalla maggior parte degli addetti ai lavori. E invece proprio dopo la sconfitta con il Ravenna inizia una memorabile cavalcata che sparerà la squadra dritta dritta al quarto posto finale. Varricchio e compagni vincono a Cremona, in casa con il Monza, a Crema, in casa con il Lecco e a Reggio Emilia. All'ultima di campionato all' Euganeo arriva la Pro Patria cui serve una vittoria per sperare nella promozione diretta, ma quel punto è troppo importante per il Padova e i bustocchi non vanno oltre lo 0-0. Il Padova è quarto, fino ad allora mai nessuna squadra aveva ottenuto la promozione partendo da quella posizione nella griglia playoff. Un altro tabu da sfatare. Nella semifinale contro il Ravenna il Padova spreca molto in casa e viene inchiodato ad un 1-1 che non promette niente di buono per il ritorno. Ai ravennati basta un pari per qualificarsi, ma al 13' della ripresa Patrascu pennella una punizione perfetta e porta in vantaggio i biancoscudati. I tifosi che hanno assiepato la curva dello stadio "Benelli" esplodono tutta la loro gioia, ma alla mezzora vengono freddati da una zampata di Zizzari che pareggia.

Il Ravenna è in finale, ma solo per due minuti. Al 33' il neo entrato Falsini spinge in rete un cross di Jiday e con l' aiuto del palo regala la vittoria al Padova. L'ultimo ostacolo è la Pro Patria, squadra molto tecnica e dal grande potenziale offensivo. All'Euganeo gli uomini di Sabatini non rischiano niente, ma sciupano qualche occasione di troppo e il risultato non si sblocca. Come in semifinale, tutto si deciderà nuovamente lontano dalla città del Santo, a Busto Arsizio. La settimana che precede il big match è segnata dalle polemiche causate dall'esiguo numero di biglietti concessi ai tifosi padovani, numericamente molto superiori a quelli lombardi. A Busto si presentano in mille, gli altri sono in Prato della Valle a seguire la partita su un maxi schermo appositamente allestito. Il Padova è in condizioni fisiche nettamente migliori e può contare sull'ottima vena del suo bomber Di Nardo.
Al 40' i biancoscudati rimangono in dieci per l'epulsione di Di Venanzio che poco prima era stato ingiustamente ammonito dopo un colpo ricevuto in area. L'inferiorità numerica non ferma però i patavani che nel secondo tempo prendono il largo con una doppietta di Totò Di Nardo. Al 44' Urbano accorcia per la Pro Patria, ma è troppo tardi. Il Padova vince ed è in serie B dopo undici anni, il presidente Cestaro viene portato in trionfo sotto la curva e la città intera può finalmente festeggiare, al termine di un campionato tra i più esaltanti che si ricordino.